《未来少年柯南》故事设定在未来世界，一场大战后地球被核污染，人类文明遭受重创。主人公柯南自幼父母双亡，在灯塔与爷爷相依为命。一天，一艘神秘飞船出现，美丽少女拉娜从空中坠落，她持有能净化核污染的关键物品“水晶”。这引来了邪恶组织的觊觎，他们抓走拉娜并抢走水晶。柯南毅然踏上拯救拉娜、夺回水晶之路。旅途中，柯南结识了众多伙伴，他们一起历经艰难险阻，与邪恶组织斗智斗勇。凭借着智慧、勇气和坚定信念，柯南一次次化险为夷，最终成功击败邪恶势力，让地球重获生机，恢复了往日的和平与繁荣。