《魔法少女毁灭者》的故事围绕着魔法少女们展开。在这个世界里，魔法少女本是守护世界、对抗邪恶的正义使者。然而，主角却有着与众不同的身份——魔法少女毁灭者。他以猎杀魔法少女为任务，打破了人们对魔法少女一贯美好、神圣的认知。 在执行任务的过程中，他遭遇了各种不同性格和能力的魔法少女。有的魔法少女单纯善良，不理解他为何要对她们痛下杀手；有的则实力强劲，与他展开激烈战斗。随着故事推进，主角逐渐发现魔法少女背后隐藏着不为人知的秘密，这些秘密牵扯到一个巨大的阴谋，而他自己的命运也和这个阴谋紧密相连，他能否在毁灭与救赎之间找到真相和自我呢？