《武装神姬》的故事围绕着少年马立克展开。他生活在一个机械人偶被广泛应用的世界，这些人偶不仅能作为日常助手，还能被改造成战斗用的“武装神姬”。马立克在机缘巧合下得到了神姬玛姬娅，从此开启了与神姬们的奇妙冒险。他与玛姬娅以及后来结识的其他神姬们一起，不断提升神姬们的能力，参与各种战斗。在这个过程中，他们遭遇了诸多强大的敌人和复杂的挑战。同时，马立克与神姬们之间的羁绊也在不断加深，他们相互信任、相互支持，共同面对困难。每一次的战斗和经历都让他们成长，也让他们逐渐揭开了隐藏在世界背后的秘密。