《学园少女突袭者》围绕着私立三葛学园的女子高中生们展开。主角神无月葵是个有点天然呆的女孩，她加入了学园里的“生活安全部”。这个部门看似普通，实则有着特殊使命，要处理校园里各种奇奇怪怪的事件。 葵和部里的其他成员，像性格开朗的九条可怜、冷静理智的三峰结衣等，一起面对校园恶霸的挑衅、神秘怪谈引发的恐慌等状况。她们凭借着智慧和勇气，一次次化解危机。在这个过程中，少女们不仅加深了彼此的友谊，也逐渐成长。她们在学园的日常中，有欢笑、有泪水，也有热血的战斗，共同谱写了一段充满活力与冒险的校园故事。