《超时空要塞7》的故事发生在宇宙中，一支被称为“MACROSS 7”的殖民舰队在银河中航行。舰队中有一支名为“Fire Bomber”的摇滚乐队，主唱巴萨拉·尼安是个热爱音乐、充满激情的青年。他们以音乐为武器，对抗外星生物因维德人。因维德人会被歌声影响，巴萨拉的歌声能让它们平静甚至改变战斗意志。在一次又一次的战斗中，“Fire Bomber”乐队声名远扬。同时，巴萨拉与舰队中的女战士米莲·弗蕾亚相遇，米莲来自因维德高层，她在与巴萨拉的接触中，逐渐被人类文化和音乐感染，对自己种族的侵略行为产生怀疑。随着故事发展，双方的矛盾冲突不断升级，但音乐始终是化解危机的关键，最终他们通过音乐打破隔阂，实现了某种程度的和平共处。