《Muv - Luv Alternative Total Eclipse》的故事设定在人类与外星生物「BETA」激烈战斗的世界。主角榊原恒一，是一位拥有特殊能力的少年。他被编入了对抗「BETA」的特殊部队。在部队中，他结识了性格各异的伙伴，如傲娇且实力强劲的神宫寺奈绪。他们驾驶着先进的战术机与「BETA」展开一场场惊心动魄的战斗。在战斗过程中，榊原恒一不断成长，逐渐掌握了更强大的战斗技巧。同时，他也发现了关于「BETA」的一些惊人秘密，这些秘密可能会改变人类与「BETA」战斗的走向。随着故事推进，他们面临着越来越严峻的挑战，每一次战斗都关乎人类的存亡，而榊原恒一和伙伴们能否凭借勇气和智慧，为人类带来胜利的曙光呢？