《Fairygone》的故事发生在一个特殊的世界，人类与拥有特殊能力的“妖精”共同存在。主角是少年天野纯，他被卷入了一场围绕妖精的纷争中。在这个世界，妖精的力量被各方势力觊觎，引发了一系列的冲突与战斗。天野纯结识了拥有强大妖精之力的少女神代芙蕾雅，两人在不断的冒险中逐渐建立起深厚的羁绊。他们一边要躲避敌对势力的追杀，一边探寻妖精力量背后的秘密。在这个过程中，他们遭遇了各种危险的敌人和艰难的挑战，也逐渐揭开了隐藏在世界背后的巨大阴谋，一场关乎人类与妖精命运的大战即将展开。