《我的药店通古今》围绕着主角展开一段奇妙的故事。主角经营着一家普通药店，却意外发现药店有着能连通古今的神秘能力。从此，他的生活发生了天翻地覆的变化。古代的名医会突然出现在药店里，与主角交流医术，传授珍贵的药方和医学知识。同时，主角也会将现代的医药理念和技术带到古代，帮助古人解决各种疑难杂症。在这个过程中，主角结识了许多志同道合的朋友，他们一起利用药店的特殊能力，在古今两个时空展开冒险。不仅要应对古代江湖中的各种纷争，还要解决现代社会里的医疗难题。凭借着智慧和勇气，主角在两个时空都闯出了一片天地，也让药店成为了连接古今医学文化的重要纽带。