《玄门医圣》围绕身怀玄门医术的主角展开。主角本是玄门中潜心学医之人，因一场变故被迫下山来到繁华都市。在都市里，他凭借着高超的医术和玄门手段，不断解决各种棘手难题。他先是救助了被疑难病症困扰的豪门千金，从而进入豪门的视野。之后又卷入了豪门之间的权力斗争和商业阴谋。在这个过程中，他结识了一群志同道合的朋友，有善良正义的警察，还有聪明机智的商业伙伴。他们一起对抗邪恶势力，揭露背后的阴谋。主角也在一次次的危机中不断成长，将玄门医术发扬光大，最终在都市中站稳脚跟，成为众人敬仰的玄门医圣。