《星际牛仔1998》将故事设定在2071年，那时人类已在太阳系多个星球定居。主角斯派克曾是红龙黑帮的杀手，为了追寻过去的真相脱离组织，成为一名赏金猎人，与搭档菲、艾德以及柯基犬爱因一同驾驶着飞船“ Bebop ”穿梭于各个星球之间。他们一边在宇宙中追捕罪犯赚取赏金，一边经历着各种奇妙又危险的事件。菲有着神秘的过去，失忆的她在寻找自我身份的过程中与团队产生了深厚的羁绊。艾德古灵精怪，拥有超强的电脑技术。每一集他们都会遇到不同的对手和挑战，有疯狂的科学家、危险的黑帮分子等。在冒险中，他们也不断面对自己内心的创伤与困惑，斯派克最终与过去的敌人展开了宿命对决，故事在热血与温情中落下帷幕。