《驻院医生第三季》继续聚焦圣博纳医院的驻院医生们的工作与生活。主角康拉德依旧在医院中面临着各种复杂的医疗状况和艰难抉择。在本季里，医院迎来了新的挑战，一场严重的流感疫情席卷而来，患者数量激增，医疗资源紧张，医生们需要争分夺秒地拯救每一个生命。 同时，医生们的个人生活也波澜不断。康拉德和尼科尔的感情面临着信任危机；伊基在处理工作压力的同时，还要应对家庭的变故；德文则在职业发展上陷入迷茫，是坚持自己的研究方向还是顺应医院的安排，让他十分纠结。而医院管理层也在不断调整策略，以应对各种突发状况和内部矛盾。医生们在拯救他人生命的过程中，也不断治愈着自己内心的创伤，在困难中成长与坚守。