《特工卡特第二季》故事承接第一季，佩姬·卡特被派往洛杉矶执行新任务。在那里，她不仅要应对苏联间谍的威胁，还要处理办公室里的明争暗斗。佩姬结识了新伙伴，如发明家埃德温·贾维斯及其妻子安娜。她发现一个神秘组织企图利用超自然力量制造混乱。在调查过程中，佩姬遭遇重重困难，与敌人斗智斗勇。她一边要隐藏自己的特工身份，一边要解开谜团。同时，佩姬与丹尼尔·索萨的感情也有了新发展。最终，佩姬凭借智慧和勇气，成功阻止了神秘组织的阴谋，也在这个过程中实现了自我成长。