《X档案之忏悔》中，穆德和史考莉接到一起离奇案件。一位牧师在教堂中突然开始忏悔，他声称自己曾犯下多起谋杀案，可警方调查却发现并无相关案件记录。牧师的言行举止十分怪异，仿佛被某种超自然力量控制。穆德和史考莉深入调查，发现牧师所在教堂曾发生过神秘仪式。随着调查推进，他们遭遇一系列诡异事件，如莫名出现的黑影、神秘的符号等。在探寻真相过程中，他们逐渐揭开一个隐藏多年的秘密，涉及到古老的诅咒和邪恶的力量。最终，他们能否阻止邪恶的蔓延，解开牧师忏悔背后的谜团，让真相大白于天下。