《神医2013》以民国时期为背景，主人公是身怀绝技的年轻神医杜仲。杜仲凭借着高超的医术和善良的心地，在当地小有名气。然而，当时的社会动荡不安，军阀混战，各方势力斗争不断。杜仲在治病救人的过程中，意外卷入了一场巨大的阴谋。军阀为了争夺地盘和资源，利用杜仲的医术来达到自己的目的。杜仲一方面要应对军阀的逼迫，另一方面还要解开阴谋背后的谜团。在这个过程中，他结识了一群志同道合的朋友，他们一起并肩作战，历经重重困难，最终成功揭露阴谋，守护了正义和百姓的安宁。