《情事缉私档案粤语》围绕着海关调查科展开故事。海关调查科督察周耀祖为人正直，工作能力出色，他与下属赵志豪、何奇通等人在缉私工作中屡立战功。在一次调查走私文物的案件里，他们抽丝剥茧，追踪线索，与狡猾的走私团伙斗智斗勇。耀祖在工作中结识了海关女关员程燕翘，两人从最初的工作上的小摩擦，逐渐发展出感情。然而，燕翘的前男友突然出现，给他们的感情带来了波折。与此同时，调查科又面临着更为复杂危险的走私枪械案件，耀祖等人不仅要应对走私分子的阴谋诡计，还要处理内部出现的一些问题。在一系列的案件侦破过程中，他们展现出了坚定的信念和无畏的勇气，最终成功打击了走私犯罪，也收获了各自的成长与爱情。