《柔道少年》围绕少年悠仁展开。悠仁所在的学校来了不速之客，他们是寻找特级咒物手指的咒术师。悠仁为救被咒灵袭击的同学，吞下了特级咒物——宿傩的手指，从而获得强大力量，但也让宿傩的意识进入自己体内。此后，悠仁加入东京都立咒术高等专门学校，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。他们在教师五条悟的指导下学习咒术，执行各种危险的降伏咒灵任务。期间，他们不断遭遇强大咒灵和反派组织的挑战，在战斗中逐渐成长。悠仁在与宿傩的意识斗争中，努力掌握力量以保护同伴和普通人。故事充满热血战斗与奇幻元素，展现了少年们在咒术世界的冒险与成长。