《圣阿加莎》故事发生在 1938 年的爱尔兰，年轻女子玛格丽特怀孕后被家人送到圣阿加莎精神病院。这里由冷酷无情的修女们管理，她们对这些所谓“有罪”的女子进行着非人的折磨。玛格丽特在医院里结识了其他同样命运悲惨的女性，她们一起承受着饥饿、劳累和精神上的压迫。随着时间推移，玛格丽特发现医院隐藏着不可告人的秘密，修女们似乎在进行着某种邪恶的仪式。在困境中，玛格丽特决心反抗，她联合其他女性，与修女们展开了一场惊心动魄的斗争，试图逃离这个恐怖的地方，重获自由。