《ISOLA 多重人格少女》聚焦于拥有多重人格的少女。少女的身体里住着不同的人格，每个都有着独特的性格和记忆。在她的生活中，这些人格频繁交替出现，给她的日常带来了极大的困扰。她时而温柔善良，时而暴躁易怒，身边的人也因此对她产生了诸多误解。随着故事发展，她开始努力探寻自己多重人格的根源。在这个过程中，她结识了一些帮助她的人，他们一起揭开了一段尘封的往事，而这背后隐藏着一个惊人的秘密，也关乎着少女的身世和未来。