《忍者蝙蝠侠》的故事设定在一个独特的平行世界，蝙蝠侠、超人和神奇女侠等 DC 超级英雄穿越到了日本战国时代。蝙蝠侠化身为忍者蝙蝠侠，他保留了原本的智慧与战斗技能，在这个充满忍者、武士的世界中展开冒险。此时，小丑也来到了这个时代，他与忍者组织勾结，妄图利用战国时代的混乱局势实现自己的疯狂计划。忍者蝙蝠侠不仅要对抗小丑及其爪牙，还要应对来自其他势力的挑战，比如邪恶的忍者集团。在战斗过程中，他结识了一些志同道合的伙伴，共同为了正义而战。影片将 DC 超级英雄元素与日本战国文化巧妙融合，呈现出一场视觉与剧情俱佳的盛宴，激烈的战斗场面和精彩的剧情转折让人目不暇接。