《最后生还者第二季》故事承接前作，在被病毒肆虐摧残的世界中，主角艾丽和蒂娜来到杰克逊定居。然而，一场悲剧打破了这份平静，艾丽好友杰西被杀，艾丽将仇恨指向了西雅图的疤脸帮。她与蒂娜踏上复仇之旅，在西雅图的废墟中与疤脸帮展开激烈对抗。在此过程中，艾丽遭遇了各种危险，包括感染者和敌对人类。同时，剧情视角切换到艾比，她的父亲被乔尔杀害，为了复仇，艾比加入火萤组织并展开行动。艾比一方也有着自己的挣扎与故事，她在复仇后内心陷入痛苦与迷茫。艾丽在复仇之路上逐渐发现事情并非那么简单，她的内心也在不断变化，故事充满了人性的复杂与命运的无常。