《猩球征服》故事设定在未来世界，人类社会因战争和疾病遭受重创，人口锐减，社会秩序混乱。凯撒领导的猿族在森林中建立起自己的家园，过着相对和平的生活。然而，人类为了重建社会，需要更多资源，将目光投向猿族的领地。人类军队指挥官科巴，他曾在人类世界遭受过痛苦，对人类充满仇恨。他暗中与人类勾结，企图挑起猿族和人类的战争，以实现自己的野心。 凯撒起初极力避免与人类冲突，努力维护和平。但科巴的阴谋逐渐得逞，猿族和人类最终陷入战争。在战争中，凯撒看清了科巴的真面目，带领忠诚的猿族与人类和科巴的势力展开激烈战斗。最终，凯撒成功击败科巴，也让人类认识到与猿族和平共处的重要性，两个种族在经历血与火的考验后，开始尝试建立新的和平秩序。