《企鹅公路》故事发生在一个平凡小镇，主角青山是个热爱研究企鹅的四年级小学生，他坚信企鹅的出现和自然现象有关，为此展开了一系列研究。一天，神秘的牙科女医生森下搬到小镇，青山对她充满好奇，两人逐渐熟悉起来。然而，小镇上不断有怪事发生，企鹅频繁出现，还出现了巨大的金鱼。青山在探索真相的过程中，结识了好友大贯和女同学水泽。他们一起面对各种奇异事件，青山也在成长中对森下产生了懵懂的情感。最终，青山在经历了一系列冒险后，明白了成长的意义，也接受了生活中的离别与变化。