《百万巨鳄》围绕着一条百万身价的鳄鱼展开。阿毛是一条被马戏团抛弃的鳄鱼，阴差阳错来到了女主阿花经营的鳄鱼池。阿花为了偿还债务，打算将阿毛卖给老板赵大嘴。然而，阿毛却意外逃走，在小镇上引发了一系列恐慌。警察大郭负责抓捕阿毛，他和助手想尽办法，却总是功亏一篑。阿花也在四处寻找阿毛，因为她深知阿毛对自己的重要性。在这个过程中，巨鳄阿毛不断制造麻烦，袭击人类。最终，大郭等人在一场激烈的较量中，成功制服了阿毛，小镇也恢复了往日的平静。