《玛丽女王》聚焦于苏格兰女王玛丽·斯图亚特与英格兰女王伊丽莎白一世之间的复杂关系。玛丽在法国经历丧夫之痛后返回苏格兰，她信仰天主教，这与苏格兰新教势力产生冲突。同时，她的王位继承权对伊丽莎白构成威胁，因为她宣称自己才是英格兰王位的合法继承人。玛丽在苏格兰的统治并不顺利，经历了婚姻的波折，她的第二任丈夫达恩利勋爵性格暴躁，两人关系恶劣，达恩利还参与谋杀了玛丽的秘书。之后玛丽又嫁给博思韦尔伯爵，这引起了苏格兰贵族的不满，她被迫退位并逃往英格兰寻求庇护。然而，伊丽莎白将她囚禁了 19 年，最终以谋反罪名处死了玛丽。影片展现了两位女王在权力、宗教、性别等多重因素交织下的艰难处境和激烈斗争。