《异兽魔都》的故事发生在一个人类与魔法师共存的奇异世界。主角凯曼是个脑袋像蜥蜴的神秘男子，他患有失忆症，只记得自己被魔法师害成这副模样，一心想找出凶手恢复原样。他和搭档妮子在“洞穴”区生活，这里是人类的聚集地，与魔法师所在的“魔法世界”对立。凯曼会在夜晚去魔法世界狩猎魔法师，将他们带回“洞穴”让妮子审问。一次行动中，凯曼遇到了强大的魔法师二阶堂，二阶堂为了寻找能解开凯曼变身之谜的线索，开始与他合作。随着调查深入，他们逐渐揭开了隐藏在背后的巨大阴谋，涉及到魔法世界的高层权力斗争以及神秘的实验。在这个过程中，凯曼也慢慢找回了一些失去的记忆，而他与二阶堂之间复杂的关系也不断变化，他们共同在这个危险又充满奇幻色彩的世界中探寻真相。