《东京 ESP》围绕高中生园部巴展开。园部巴原本是个普通女孩，却因一次意外觉醒了超能力“ESP”。她能在空中自由飞行，拥有超乎常人的力量。在觉醒能力后，巴被卷入了一场巨大的阴谋之中。东京出现了各种拥有特殊能力的怪人，他们的出现给城市带来了混乱。巴结识了同样拥有超能力的伙伴们，他们一起组成了对抗邪恶势力的队伍。在与敌人战斗的过程中，巴不断成长，逐渐掌握了自己能力的使用技巧。同时，她也在探寻自己能力的来源和背后隐藏的真相。随着故事的推进，他们发现这场危机背后有着不为人知的秘密组织在操控，而巴等人必须凭借自己的力量守护东京，阻止阴谋的进一步发展。