托马斯从迷宫中逃脱后，与其他“奔跑者”来到了一座看似安全的避难所。然而，平静很快被打破，他们发现这里并非真正的安全之地。原来，一种名为“闪焰症”的病毒正在肆虐，人类面临着巨大的生存危机。托马斯等人得知，他们被WCKD组织利用，成为了实验对象。为了寻找真相和真正的安全之所，托马斯带领伙伴们再次踏上冒险之旅。途中，他们遭遇了各种危险，有被病毒感染的“丧尸”，还有来自WCKD组织的追捕。在不断逃亡中，团队内部也出现了分歧，但托马斯始终坚定信念，努力保护着同伴，最终他们能否摆脱困境，找到新的希望，一切充满了未知。