《学园默示录》故事发生在丧尸病毒肆虐的世界，主角小室孝原本平静的校园生活被突如其来的丧尸潮打破。他与青梅竹马宫本丽一起，在混乱中逃生。随后，他们遇到了毒岛冴子、高城沙耶、鞠川静香等人，众人组成了生存小队。在学园里，他们一边对抗丧尸的攻击，一边寻找离开的方法。毒岛冴子剑术高超，在战斗中发挥了重要作用；高城沙耶聪明机智，为团队出谋划策。随着剧情发展，他们离开学园，前往其他地方求生，一路上不断遭遇各种危险和挑战，也结识了新的伙伴，同时还要面对人性的考验，在这个丧尸横行的世界努力生存下去。