《爱神巧克力》围绕着高中生江浩一展开。一天，江浩一误打误撞成为了爱神使者，拥有了制作能实现人恋爱心愿巧克力的能力。他本只想平静度过高中生活，却因这特殊能力陷入了一系列情感纠葛。学校里的众多女生，像夏紫瞳、林渊诗等，都因吃到他制作的巧克力而对他产生了别样的感情。江浩一在努力保守爱神使者秘密的同时，还要应对这些女生们的感情攻势。他在友情、爱情之间不断权衡，闹出了不少笑话，也经历了许多感人的瞬间。随着故事发展，爱神使者背后的神秘组织逐渐浮出水面，江浩一又将面临新的挑战和抉择。