《神无月的巫女》围绕着姬宫千歌音和来栖川姬子展开。姬宫千歌音是月之神社的巫女，肩负着守护月之神社的使命。来栖川姬子则是转学来到千歌音所在学校的学生，她拥有特殊的灵力。两人在相处过程中，逐渐产生了深厚的感情。然而，她们所处的世界并不平静，神无月的到来引发了一系列神秘事件，月之神社与日之神社之间存在着古老的纷争。千歌音和姬子被卷入这场纷争中，她们不仅要面对外部的敌人，还要处理彼此内心的情感纠葛。在经历了重重困难和考验后，她们能否坚守彼此的感情，共同化解危机，守护好自己珍视的一切，成为故事的一大看点。