《隐秘而伟大2013》以20世纪30年代的朝韩为背景，讲述了北朝鲜间谍南派504部队成员的故事。元流焕是北派到南韩的间谍，他在村庄里伪装成智障青年度日，一边忍受村民的欺负，一边等待执行任务。在这个过程中，他与村民们逐渐产生了深厚的感情。同时，同为北派间谍的李海浪在首尔执行任务，他成为了一名高中生，在学校里经历着青春的懵懂与成长。然而，随着局势的变化，他们接到了新的任务，而任务背后却隐藏着巨大的阴谋。当真相逐渐浮出水面，他们面临着忠诚与情感的艰难抉择，最终在复杂的局势中坚守着内心的正义。