《王牌大贱谍3》中，邪恶博士从月球返回地球，他绑架了王牌大贱谍奥斯汀·鲍尔斯的父亲奈杰尔。奥斯汀不得不和妻子费利西蒂一起前往寻找父亲。邪恶博士这次有了新计划，他创造出了克隆人斯科特，还妄图用“时光机”改变历史。在寻找父亲的过程中，奥斯汀遭遇诸多危险和搞笑状况。他在不同时空穿梭，与邪恶博士斗智斗勇。影片充满了无厘头的搞笑元素，比如奥斯汀夸张的肢体动作和幽默的对白。最终，奥斯汀能否成功拯救父亲，阻止邪恶博士的阴谋，充满了悬念与欢乐。