《百合熊风暴》的故事围绕着圣露琪亚女子学园展开。主人公星川莉莉子与儿时好友熊谷夕子重逢，然而夕子却变成了一只熊。学园所在的城镇时常受到熊的袭击，而这些熊似乎与学园里的女生有着某种神秘联系。学园里弥漫着一股百合氛围，女生们之间的情感复杂而微妙。莉莉子在寻找夕子的过程中，逐渐揭开了学园背后隐藏的秘密。原来，这里存在着一个关于“百合之力”的阴谋，熊的出现和女生们的命运都与之相关。随着剧情推进，莉莉子和伙伴们不断面临危险与挑战，她们能否打破阴谋，拯救彼此和学园，成为故事的一大悬念。