《灰色：幻影扳机》的故事围绕着美少女们展开。故事舞台设定在美日共同管辖的特殊地区“美滨学园”，这里聚集了一群有着特殊经历的少女。桐岛蕾娜是一名性格坚强且射击能力出众的少女，她来到学园后，与其他少女们一同生活、训练。学园里的少女们各有特点，她们都有着不为人知的过去和伤痛。在学园中，她们要面对各种危险任务，比如与恐怖组织战斗等。在执行任务的过程中，少女们不断成长，彼此之间的羁绊也越来越深。她们在战斗中相互支持，共同克服困难，逐渐揭开隐藏在背后的巨大阴谋，同时也在这个过程中治愈着彼此内心的创伤。