《秘密三人组第一季》围绕着三个性格各异的孩子展开，他们分别是聪明机智的杰克、勇敢热情的艾米丽和心思细腻的汤姆。这三个小伙伴无意间发现了小镇上一系列神秘事件背后似乎隐藏着不为人知的秘密，于是组成了秘密三人组开始调查。他们在调查过程中遭遇了各种困难和挑战，比如神秘人的跟踪、危险的陷阱等。但凭借着彼此的信任和智慧，一次次化险为夷。他们逐步揭开了一个关于小镇历史的惊天秘密，这个秘密与小镇上一座古老建筑有关，而背后似乎有一股邪恶势力在阻止他们探寻真相。三人组在不断深入调查中，不仅增进了彼此的友谊，还学会了勇敢面对困难，最终成功解开谜团，守护了小镇的和平。