《壳中少女：燃烧》延续了系列的科幻悬疑风格。故事中，少女露恩依旧被困在特殊的「壳」装置里，她拥有特殊能力，能感知常人难以察觉的信息。此时，城市中出现了神秘的燃烧事件，大量物品和人莫名起火，造成了极大恐慌。私家侦探巴鲁托为了调查真相，与露恩合作。他们在调查过程中，逐渐发现这一系列燃烧事件背后隐藏着一个巨大阴谋，涉及到某个妄图掌控能源的组织。随着深入追查，危险不断逼近，露恩和巴鲁托不仅要面对组织的杀手，还要解开燃烧现象的科学谜团。最终，他们能否揭开真相，阻止阴谋的进一步发展，成为了故事的最大悬念。