《兽兵卫忍风帖》以日本江户时代为背景，主角是名为飞驒之兽兵卫的流浪忍者。他武艺高强，却因妻子被掳走而陷入困境。掳走他妻子的是邪恶化装师集团“弦之介众”，首领弦之介手段残忍且邪恶。兽兵卫为救妻子，踏上了与“弦之介众”对抗的危险之旅。在这个过程中，他结识了女忍者萤火，萤火一心想要为被“弦之介众”杀害的父亲报仇，于是与兽兵卫一同行动。他们在一次次战斗中，逐渐摸清“弦之介众”的阴谋。最终，兽兵卫和萤火与“弦之介众”展开了一场惊心动魄的决战，成功击败敌人，兽兵卫也救回了妻子，同时萤火也报了父仇。