《鸣鸟不飞：乌云密布》围绕着两个男人展开。黑道组织成员矢代，因过去的经历内心封闭，有着复杂的情感和伤痛。百目鬼则是矢代的下属，他默默守护着矢代，对矢代有着深厚的感情。矢代在组织中面临着各种危险和挑战，他与百目鬼之间的关系也在相处中逐渐升温。然而，他们的感情之路并不平坦，不仅要面对黑道内部的纷争和他人的质疑，还要克服矢代内心的恐惧和挣扎。在充满阴谋与危险的环境里，他们能否坚守彼此的感情，冲破重重乌云，迎来属于他们的光明，成为故事的一大看点。