故事发生在东京，世界体育大会即将在此盛大举行。为了连接东京和名古屋，时速达 1000km 的真空超导磁悬浮列车也即将投入使用。然而，大会召开前，赞助商却接连遭到绑架。与此同时，15 年前在美国波士顿也发生过类似的赞助商连续绑架案，当时案件同样不了了之。 随着调查深入，柯南发现这两起案件存在诸多关联。赤井秀一及其家人也卷入其中，他们各展所长协助柯南。在追踪真相的过程中，柯南等人发现了一个惊人的阴谋。当磁悬浮列车载着众多乘客飞速行驶时，危险悄然降临，列车面临失控的危机。柯南必须争分夺秒，解开谜团，阻止悲剧的发生。