在宝可梦的世界里，科学家利用梦幻的基因成功培育出了强大的超梦。超梦诞生后，因知晓自己只是人类创造的复制品而心生怨恨，它离开人类控制，在一座孤岛上建立了属于自己的宝可梦军团。小智和他的伙伴们听闻超梦的传说后，踏上了前往孤岛的冒险之旅。在岛上，小智等人结识了各种宝可梦，也遭遇了超梦的挑战。超梦为了证明自己比梦幻更强大，向小智等人发起战斗。激烈的对战中，小智和他的宝可梦们展现出了坚韧的意志和深厚的情感羁绊。最终，超梦在经历一系列事件后，对自己的存在有了新的认识，放下了心中的怨恨。