《机动战舰剧场版：暗黑王子》的故事发生在宇宙中，人类与外星种族盖米拉斯持续着激烈的战争。星野琉璃所在的抚子号战舰，在一次战斗中遭遇了神秘的敌人——暗黑王子。暗黑王子拥有强大的机动战舰和神秘力量，他的出现让抚子号陷入了绝境。星野琉璃和同伴们在战斗中不断成长，他们努力寻找暗黑王子的弱点。在一次次的交锋中，他们逐渐揭开了暗黑王子背后的秘密，原来他的身世与人类和盖米拉斯都有着千丝万缕的联系。最终，星野琉璃等人凭借着勇气和智慧，与暗黑王子展开了一场惊心动魄的最终对决，成功化解了危机，守护了宇宙的和平。