《女神异闻录3 剧场版 第一章 春生》围绕着转校生神乡慎展开。神乡慎来到新学校后，逐渐发现夜晚会出现被称为“暗时”的特殊时间，在这段时间里，人类会陷入沉睡，而各种怪物则会出现。他结识了一群同样能在暗时行动的伙伴，他们拥有召唤“人格面具”的能力，以此对抗怪物。在探索过程中，他们发现了神秘组织SEES，该组织致力于研究暗时和对抗怪物。神乡慎等人加入了SEES，开始了与怪物的战斗。随着战斗的深入，他们逐渐揭开了暗时背后隐藏的秘密，也在这个过程中不断成长，彼此之间的羁绊也愈发深厚。