《新世纪福音战士剧场版：Air真心为你》承接TV版剧情，故事中，人类与使徒的战斗已到最后阶段。碇真嗣作为EVA驾驶员，内心充满迷茫与痛苦。他在战斗中不断挣扎，既渴望他人的认可与关爱，又因一次次的战斗和身边人的离去而陷入自我怀疑。 在最终决战里，SEELE启动人类补完计划，试图让人类回归LCL之海，实现灵魂的融合。碇真嗣的父亲碇源堂也在背后推动着这一切。随着剧情发展，真嗣在与明日香等伙伴的情感纠葛中愈发痛苦。最后，真嗣在补完的世界里经历了内心的挣扎，他在明日香的一巴掌下，从虚幻中清醒，开始重新思考生存的意义，决定接受真实的世界和不完美的自己。