春日部防卫队受邀来到花之天下春日部学院参观，这里的学生们都彬彬有礼、举止优雅，与春日部平常的氛围大不相同。然而，学院里却隐藏着诸多谜团。小新等人在参观过程中，发现学院里的学生们似乎都被某种神秘力量控制，失去了原本的个性。他们还遇到了一个神秘的转校生，这个转校生总是神出鬼没，行为十分可疑。随着调查的深入，春日部防卫队逐渐揭开了学院背后的阴谋。原来，学院的校长企图通过一种特殊的药物控制学生们的思想，以实现自己的野心。小新和伙伴们凭借着勇敢和智慧，与校长展开了一场激烈的对抗，最终成功解救了被控制的学生，让学院恢复了往日的生机。