《超次元游戏 海王星 ～充满涅普涅普的感谢祭～》围绕着游戏世界展开。故事的主角涅普姬雅，也就是涅普涅普，是掌管游戏国度普莱帕兰德的女神。在这个充满奇幻色彩的游戏世界里，存在着多个不同的游戏国度，每个国度都有对应的女神守护。 在感谢祭这个特殊的时期，各个国度的女神们齐聚一堂。然而，平静的感谢祭背后却暗藏着危机。涅普涅普和她的伙伴们，如诺瓦露、黑喵、白喵等，在享受节日氛围的同时，也遭遇了一系列意想不到的事件。她们需要运用自己的能力，解开谜团，应对各种挑战，守护游戏世界的和平与欢乐。在这个过程中，女神们之间的友情得到了进一步的升华，也展现出了她们勇敢、善良的一面。