《封神·纣灭》以商朝末年为背景，聚焦于昏庸无道的纣王。纣王沉迷酒色，不理朝政，在奸臣费仲、尤浑的怂恿下，做出诸多倒行逆施之事。他在女娲宫进香时，竟题下轻薄之诗亵渎女娲，引得女娲大怒，派轩辕坟三妖迷惑纣王，加速商朝的灭亡。 西伯侯姬昌因进谏被囚羑里，其长子伯邑考为救父前往朝歌，却惨遭妲己陷害。姬昌逃回西岐后，暗中积蓄力量，准备讨伐纣王。与此同时，姜子牙奉元始天尊之命下山，助周灭商。他在渭水之滨遇到姬昌，成为周的军师。 在姜子牙的辅佐下，周军逐渐壮大。而商朝内部，忠臣比干被挖心，黄飞虎反出朝歌。最终，周军与商军在牧野展开决战，纣王自焚于鹿台，商朝覆灭，周朝建立，天下重归太平。