《精英部队2：大敌当前》的故事紧接前作，内托队长因前作中的行动成为英雄，但他面临着新的复杂局势。此时，里约热内卢的政治环境混乱不堪，警界腐败严重，毒贩势力也在不断扩张。内托所在的精英部队既要对抗猖獗的毒贩，又要应对警队内的腐败分子。在一次行动中，精英部队捣毁了一个毒贩窝点，却引发了毒贩与腐败警察的联合报复。同时，政治人物为了自身利益，试图操控警队，让内托陷入两难境地。他坚守正义，带领精英部队在腐败与犯罪的双重夹击下艰难前行，最终在一场激烈的交锋中，与各方势力展开了生死对决，为城市的正义而战。