《黄昏的清兵卫》以日本江户时代为背景，主角清兵卫是位普通的下级武士，在官府担任小职员。他独自抚养两个女儿，生活拮据，还得照顾患病的母亲，因此被同僚视为没出息的人。然而，清兵卫剑术高超，却因生活琐事而隐藏锋芒。他与旧相识阿系重逢，阿系丈夫去世，两人情愫渐生。但清兵卫的平静生活被打破，藩主命令他去对付剑术高手秋山，这一任务充满危险。清兵卫为了责任和荣誉，毅然接受挑战。最终，他在决斗中展现出惊人剑术，战胜秋山，却也付出了生命的代价，只留下对家人和阿系无尽的思念。