《星球大战：异等小队第三季》延续前作精彩剧情，聚焦由猎人、技术员、军医、战士和回声组成的异等小队。他们拥有独特基因变异，具备远超普通克隆人士兵的能力。本季中，银河局势愈发复杂，帝国势力仍在扩张，给银河系带来巨大威胁。异等小队在执行任务时，不断遭遇帝国的围追堵截。他们既要躲避帝国的追捕，又要完成各种危险任务，如解救被帝国囚禁的反抗力量成员、破坏帝国的关键设施等。在这个过程中，小队成员之间的感情进一步加深，同时也结识了新的盟友。他们还面临着内部矛盾和外部诱惑的考验，但始终坚守正义，为自由而战。