《柑橘味香气》围绕着高中生蓝原柚子展开。柚子因母亲再婚，转学到了一所女子高中。这所学校校规森严，她初来乍到就状况不断，还与学生会会长藤宫香织产生了冲突。香织美丽且成绩优异，是学校里众人瞩目的存在，她对初来乍到就违反校规的柚子十分严苛。然而，在相处过程中，柚子逐渐发现香织并非表面那么冷酷。两人在校园生活里，一起经历了各种事件，关系也从最初的对立慢慢转变。她们在面对友情、爱情和自我认知的过程中，内心的情感悄然萌芽，谱写出一段充满青春气息与细腻情感的故事。